Sim, aplica-se a todos os projéteis (normais) disparados pela parede

Como você observou, a magia parede de vento cria uma parede de vento que sopra para cima e diz:

Small or smaller flying creatures or objects can't pass through the wall. Loose, lightweight materials brought into the wall fly upward. Arrows, bolts, and other ordinary projectiles launched at targets behind the wall are deflected upward and automatically miss. (Boulders hurled by giants or siege engines, and similar projectiles, are unaffected.)

Isso vale para criaturas e objetos que atendem a essa descrição, independentemente de estarem associados ao lançador, seus aliados ou seus inimigos.

Todas as armas físicas ou munições / projéteis para armas de longo alcance provavelmente seriam consideradas "objetos [...] pequenos ou menores", que não podem passar pela parede. (Magias de longo alcance, em contraste, não são "projéteis comuns", e também não são objetos, então provavelmente seriam capazes de atravessar a parede.)

Feitiços fazem o que dizem que fazem ; se não houver exceção ou especificação de quais criaturas ou objetos os efeitos da magia se aplicam, aplica-se a todas as criaturas ou objetos de acordo com a descrição.