Se você puder receber uma carta das autoridades suecas certificando que você está bem e solicitando uma prorrogação na Nigéria, você não deve ter problemas em mostrar isso e a permissão de residência expirada.
Caso contrário, por segurança, reserve um voo pelo Reino Unido ou pela Turquia (por exemplo), pois você será checado pelas autoridades suecas ao deixar Schengen.