Claro, uma cobertura de piscina não incomoda as obras. A maioria das banheiras de hidromassagem ao ar livre é projetada para ter uma cobertura sobre elas enquanto espera que os banhistas apareçam.
Se houver aeradores, eu os fecharia se eles estivessem funcionando por mais de alguns dias sem que a tampa fosse removida - para mantê-los bonitos e sem problemas. Caso contrário, formam-se grandes bolhas manchadas.