Isso é realmente explicado em O plano . Cavil ordenou que ela o matasse, mas ela não pôde fazê-lo porque não estava completamente no controle como um agente adormecido e a parte humana dela não queria faça isso. É por isso que ela simplesmente não atirou na cabeça dele (ou não bateu nele mais vezes), a cena deveria mostrar a luta dentro dela.
Ela também diz a Cavil após o tiroteio que ela perdeu a melhor parte dela quando o fez.
btw se você não viu o plano, eu recomendo. Isso explica alguns antecedentes da história e dá sentido a algumas cenas. (Não é um documentário, é apenas parte da história com algumas cenas que foram cortadas da série.)