Você continua obtendo o benefício de implementos superiores, mesmo que eles estejam encantados, desde que você tenha o talento Treinamento de implemento superior para o tipo apropriado.
Considerando que custa um feito para aproveitar, implementos superiores não seriam muito usados de outra forma.
De PHB3 Página 195:
Formed of exotic materials and created using magical crafting techniques, superior implements enhance a wielder's magic. Despite their magical origin, Superior Implements aren't magic items per se, but like non-superior implements. they can be enchanted with the Enchant Magic Item ritual.