Eu tenho dupla cidadania e faço check-in regularmente usando o passaporte diferente do que forneci no momento da reserva. Isso nunca causou um problema; nenhum agente de check-in sequer mencionou isso. Então, basta fazer o check-in com o passaporte que você pretende usar na chegada. Não importa se você forneceu as informações do passaporte quando fez a reserva.
Se a companhia aérea perguntar sobre seu outro passaporte, apenas explique por que você mudou de passaporte. Não há nada de errado em mudar sua cidadania.