Provavelmente da mesma forma que o Doutor foi capaz de esconder as memórias de Amy dele na expressão de casamento ("Algo velho, algo novo, algo emprestado, algo azul ...") apesar do fato de que na época ela começa para lembrá-lo, ele nunca teria existido para criar ou esconder essas memórias de qualquer forma.
Isso é impossível. Talvez o doutor tenha conseguido esconder memórias para ela também, embora menos importantes. Tudo o que ele teve que fazer por River é fazê-la lembrar de deixar um diário azul; As memórias escondidas de Amy tinham que trazê-lo diretamente à existência.
Em algum nível central, considerando que era possível que ele fosse lembrado de volta à existência e o fato de que o Universo tenha se corrigido após seu reaparecimento (o diário de River enche, etc.), parece provável que ele nunca deixou de existir inteiramente (da mesma forma que Amy tinha memórias inativas de Rory depois de sua "não-existência"). No entanto, parece que a única coisa que não foi corrigida foi as memórias de Rory de ser um Auton, como o verdadeiro Rory foi trazido de volta e se casou com Amy (mas ainda se lembra daqueles anos).
Veja link e link para detalhes.