O soprador provavelmente gira em velocidades diferentes quando estiver aquecendo vs. esfriando. Isso não é incomum em tudo. No modo de aquecimento, eles normalmente estão em baixa velocidade, enquanto que no modo de resfriamento ou ventilador, eles geralmente estão em alta velocidade.
Como tal, certamente pode ser que haja algum desequilíbrio em seu soprador que excite uma freqüência harmônica de seu forno a baixa velocidade, mas quando o soprador está girando mais rápido em alta velocidade, nenhuma vibração simpática é excitada; daí vibrações com calor, mas não com A / C.
Como outros já disseram, também pode ser o caso de você ter um soprador de corrente induzido para o seu forno a gás que está causando a vibração, mas estes são geralmente ventiladores muito menores que o soprador "principal".