Isso soa como Xenocide, por Orson Scott Card.
A garota é provavelmente Jane, um computador senciente que vem à vida nas conexões filônicas (mais rápidas que a luz) entre os ansibles.
Ela é capaz de transportar objetos inanimados, mais ou menos a minha memorização de cada detalhe de todas as partículas (usando qualquer computador da galáxia na rede de ansibles para armazenamento) e simplesmente "recriando" o objeto em outro lugar. No entanto, ela não pode transportar coisas vivas porque há muitos detalhes a serem lembrados - não há espaço de armazenamento suficiente na memória binária para a quantidade de detalhes e complexidade nos seres vivos.
Quando ela descobre a conexão filótica com as árvores paternas dos Piggies, ela é capaz de contatá-las e usar seu espaço de memória orgânica para armazenamento, permitindo assim maiores detalhes e capacidade de transferir seres vivos.
(Honestamente, não parece tão estranho no fluxo da história.)
Existem muitos personagens, então não sei com qual garoto você está se referindo, mas é provavelmente o Milo.