Se ambos os seus voos estiverem na mesma reserva, o atraso do voo será de responsabilidade da companhia aérea. Se você escolher a primeira opção e perder o voo, o Turkish o reserva novamente no segundo voo. Na verdade, isso aconteceu comigo há apenas dois meses quando perdi uma conexão da Turkish Airlines em Istambul por causa de uma partida atrasada do meu voo de entrada.
Portanto, não há motivos para você escolher o último vôo simplesmente para evitar a possibilidade de perder o primeiro vôo.
É claro que, se o voo atrasar tanto que você perca o primeiro vôo, você não estará gastando seis horas no aeroporto, mas mais provavelmente quatro.