"Star Crystal" (1986)?
Era baixo orçamento, o que estou assumindo é por que você pensou que era um filme independente. Ele tem os pontos da trama que você descreveu, incluindo um alienígena que mata quase todo mundo a bordo, mas só estava fazendo isso para se defender. Ele acaba fazendo amizade com os dois sobreviventes no final. Abaixo está o trailer.