Se bem me lembro, Thor disse a Gamora que Thanos iria para Knowhere e Thanos sabia disso.
Aqui está a conversa entre Gamora e Thanos.
Gamora: You knew I'd come.
Thanos: I counted on it.
Como ele contou, eis o que pode ter acontecido.
Thanos ataca a nave de Thor e poupa metade das pessoas sabendo que Thor será salvo pelos Guardiões da Galáxia. Depois disso, Thor dirá aonde Thanos irá e desde que Gamora está procurando por Thanos para matá-lo, ela e outros Guardiões irão para o Lugar Nenhum.
Porém, isso pode ser muito esticado, é com isso que Thanos poderia ter pensado e estava contando.
Agora, quando eles vêm, ele possivelmente os viu e criou a ilusão. Quando chegam, Thanos já adquiriu a Pedra da Realidade e destruiu o local. Ele estava apenas esperando por ela como ela sabia a localização da Pedra da Alma.