A St Peter Line parece ser a única operadora de balsas que atende a essas rotas. Eles fazem duas viagens por semana para Helsinki (15 horas) e uma viagem por semana para Tallinn (18 horas). Eles também operam um serviço de Helsinque a Tallinn e servem Estocolmo (a programação completa pode ser encontrada em
O resto da sua pergunta é realmente uma questão de opinião. Google sugere que o tempo de condução de São Petersburgo para Tallinn é entre 7 e 8 horas. Você teria que julgar se acha que uma travessia de balsa de 18 horas é uma opção melhor do que uma viagem de 8 horas com uma passagem de fronteira russa. Eu não olhei para opções para voar, nem tentei custar isso.
Sobre qual destino: faça sua pesquisa, faça uma escolha. A menos que você tenha uma questão objetiva específica, provavelmente é algo fora do assunto aqui.