As companhias aéreas só transportam bagagem sem o proprietário estar a bordo se a companhia aérea o culpa por não ter sido transportado no voo correto antes. Em seu cenário, eles descarregarão sua bagagem antes de partir do seu aeroporto de entrada, se você não comparecer ao vôo de conexão.
Como Moo escreveu em um comentário a esta resposta, esta é uma questão de segurança, e as companhias aéreas são muito rigorosas sobre isso por essa razão - você não quer qualquer bagagem desacompanhada a bordo de uma aeronave quando a "falta de vigilância" pode ser deliberar sobre parte do passageiro.
Em uma nota relacionada: não é possível fazer o check-in da sua bagagem se o procedimento de check-in para você não tiver sido concluído. A única coisa que você pode fazer é fazer o check-in e depois não aparecer no portão de embarque ... o que deixa sua bagagem descarregada e o vôo atrasará.