Como mencionado no artigo da Wikipédia sobre os usos narrativos de flashbacks :
An extremely convoluted story may contain flashbacks within flashbacks within flashbacks, as in Six Degrees of Separation (1993), Passage to Marseille (1944), and The Locket (1946). This technique is a hallmark of Kannada movie director Upendra whose futuristic flick Super (2010) is set in 2030 and contains multiple flashbacks ranging from 2010 to 2015 depicting a utopian India.
O IMDB também flaged Digite o nulo (2009) com essa técnica. Parece que somente esses filmes usaram esse tipo de quebra-cabeças. Como encontrei apenas esses títulos, posso responder sua pergunta dizendo que Passage to Marseille (1944) foi o primeiro filme usando esta técnica. Se você estiver interessado, pode dar uma olhada no detalhado enredo aqui (SPOILER) olhando como os flashbacks foram realmente misturados .