Quando Morpheus está levando Neo em uma excursão pelo navio, ele aponta o núcleo.
This is the core where we broadcast our pirate signal and hack into the Matrix.
Ele não está apenas falando sobre crackear um firewall para fazer upload de pessoas e deixar suas mentes pularem. Quando uma das tripulações é inserida na matriz, é um sinal constantemente em execução, ou seus corpos não estariam constantemente pulando toda vez que a Matrix estivesse dando aos seus avatares um trauma físico. As vagens na usina têm uma conexão constante; seu sinal de navio está fingindo o mesmo efeito.
É também por isso que eles hesitam em usar o EMP quando estão sob ataque no final do filme. Se eles usarem, eles quebram o link de Neo e Neo morre.
Em relação ao telefone, bem, o telefone é um pouco simbólico como uma conexão para outro lugar. Mais praticamente, porém, desconectar alguém com segurança do Matrix é uma grande tarefa em circunstâncias normais, já que as máquinas não deixam a bateria cair até morrer (veja a configuração que faz o Neo sair pela primeira vez). Então, tocar no sistema de telefonia como parte de seu hack para fornecer um ponto de desconexão seguro é apenas parte de sua missão.