Eu posso estar errado, mas tenho certeza de que nada acontecerá se a pessoa errada atender o telefone. Isso simplesmente não funcionará.
Quando o telefone toca e há mais de uma pessoa por perto para responder; eles nunca são informados para quem é o telefone - como quando Trinity e Morpheus chegam à cabine telefônica na Estação de Trem - quem pega o telefone entra em seu próprio corpo, então definitivamente há alguma maneira de detectar a consciência de quem está indo para onde.
Quanto ao Agente Smith entrando no corpo de Bane, eu concordo com o comentário de Jack acima, ainda era Bane, apenas tomado por Smith, muito provavelmente as ferramentas para detectar a consciência correta não foram programadas para checar qualquer possessão, como nunca houve nada parecido com o Agente Smith antes.