Eu li o livro no final dos anos 80.
Eu acredito que o enorme "navio" era uma embarcação pré-programada que estava voltando para a Terra com uma coleção de lagartos / dinossauros inteligentes como a carga. Se bem me lembro, o navio criou sua própria gravidade centrífuga e foi descrito como um tubo de ensaio de vida de um tempo anterior na Terra, ou como um caminho de desenvolvimento alternativo para o desenvolvimento humano na Terra. Tipo de "e se" a vida reptiliana foi autorizada a evoluir em vez de ser eliminada.
Acho que pode ser Toolmaker Koan por John McLoughlin, que com o melhor da minha memória (e provavelmente 20 anos desde que li) corresponde à sua descrição.
Editado para adicionar que eu encontrei uma revisão aqui (por trás de uma tag spoiler) que parece concordar com minha memória. Tenho certeza que este é o livro que você está procurando.