Tyler não quer o Narrador morto. Ele precisa do Narrador para agir porque Tyler não é real. Tyler passou o filme inteiro manipulando o Narrador para tomar essas ações (bem, pelo menos quando o Narrador está consciente), e sabendo que o Narrador, embora imprudente, não quer morrer, tem que eventualmente ameaçar diretamente matá-lo para pegá-lo fazer o que ele quer. Daí a arma na boca.
É claro que isso acontece em um momento crítico em que o Narrador percebe que está armado o tempo todo e tem seu "aha!" momento sobre o que realmente significa ter essa arma na boca.
A grande reviravolta é que, enquanto o Narrador acha que ele quer matar Tyler, ele realmente só mata a parte dele que estava se impedindo de se tornar completamente Tyler.