Por RAW: Não, não ajudaria em flanquear.
As regras de flanco exigem que duas criaturas (especificamente aliadas) estejam em lados opostos da criatura que flanqueiam.
When a creature and at least one of its allies are adjacent to an enemy and on opposite sides or corners of the enemy's space, they flank that enemy [...]
No entanto, uma arma espiritual não conta como uma criatura ou aliada de qualquer outra criatura, é simplesmente uma arma flutuante. Não ocupa espaço e não pode ser atacado.
You create a floating, spectral weapon within range that lasts for the duration or until you cast this spell again. When you cast the spell, you can make a melee spell attack against a creature within 5 feet of the weapon. On a hit, the target takes force damage equal to 1d8 + your spellcasting ability modifier.
Além disso, era confirmado por Jeremy Crawford que Arma Espiritual não conta como outro inimigo para ataque furtivo, que é quase a mesma condição.
Embora muitos DMs possam razoavelmente decidir que uma arma espectral flutuante seria uma condição suficiente para fornecer vantagem, por RAW isso não acontece.