Cada um destes alimentos é preservado por ter pouca umidade para bactérias ou fungos para viver. Então, no seu caso específico, era provável que a água tornasse-a hospitaleira para eles novamente, sim.what causes the bacteria growth (is it caused by the water/moisture level) ?
Se você tem um alimento que suporte o crescimento bacteriano, você não pode torná-lo seguro por simples esterilização. A esterilização nem sempre é suficiente, e você precisa de testes laboratoriais de sua receita para confirmar que ela pode funcionar com esterilização (geralmente apenas OK para alguma combinação de acidez suficiente e temperatura de processamento suficiente, como enlatamento em banho-maria). E não é mais estável após a abertura. Então eu não sugeriria ir por esse caminho. Esterilização do frasco não importa.
Você pode tentar fazer qualquer receita de gianduia que não chame ingredientes que contenham água (manteiga ou creme ou água). Não há necessidade de escolher um com cacau em pó ou leite em pó. Ou se você estiver muito empenhado em usar o pó, derreta o açúcar como no caramelo (método sem água), mas pare o mais cedo possível, antes de obter muito sabor de caramelo. Adicione os pós ao caramelo e misture bem. Adicionando o encurtamento ao mesmo tempo pode tornar mais fácil.
O problema com essa abordagem é que você pode ter dificuldade em torná-la difundível, já que a água a dilui. Mas talvez funcione com encurtamento suficiente adicionado.
Quanto ao botulismo, eu não ouvi falar de gianduia sendo um risco de botulismo, mas variantes caseiras geralmente exigem refrigeração, então você pode querer pesquisar isso separadamente.