Não, o rio visto em "O nome do médico" vem depois dos eventos de "Silêncio na Biblioteca". Você está correto quando diz que estamos vendo a mente "salva" armazenada no banco de dados da Biblioteca, e isso é possível porque ela fazia parte de uma conferência psíquica que transcendia o tempo entre ela, Vastra, Jenny, Strax e Clara. . Nenhum corpo físico foi requerido.
Seu diálogo é totalmente indicativo disso, já que ela fala sobre o Doutor "deixando-a como um livro em uma prateleira" e já sabe seu nome, que ela aprendeu quando morreu na Biblioteca. O Doutor também afirma que ela é um "eco" como Clara e que "ela deveria ter desaparecido agora". Vastra também parece estar familiarizada com este facto, quando pergunta a River se o Doutor alguma vez contactou-a depois de a ter deixado, e sabemos de "Um bom homem vai à guerra" que o Doutor contou muito a Vastra sobre as suas aventuras. Ela também está usando o vestido branco que estava usando nas fotos finais de "Forest of the Dead".
Apenas para aprofundar o ponto, uma edição da Doctor Who Magazine afirmou que ela era "River Song - de volta da Biblioteca".
Lembre-se de que as aparências de River não são sempre sequenciais. Foi assim que pudemos ver um River que estava prestes a ganhar seu perdão na Série 5 ("The Time of Angels"), e então ver alguém que acaba de ser perdoado na Série 7 ("The Angels Take Manhattan"). ), ou como poderíamos ver um rio que "acabara de sair do Bizantino" ("Carne e Pedra") no final de "O Casamento da Canção do Rio". Assim, o River em "The Name of the Doctor" não precisa ter acabado de vir dos eventos de "The Angels Take Manhattan" e pode, em vez disso, ser de outros pontos em sua linha do tempo (este apenas foi post-mortem, porque a mente que participou da conferência foi salva no banco de dados da Biblioteca e foi a que foi contatada para a ligação).