tl: dr: Eles não sabem sobre a guerra até depois de 1985, porque Bell é quem criou a guerra em primeiro lugar. Antes disso, eles estavam apenas fazendo um teste não convencional de drogas.
Como a maior parte disso é contada em flashbacks, a linha do tempo é um pouco confusa, mas Bell e Bishop não estavam preparando as crianças para a "guerra" antes do Evento Zero. Eles originalmente começaram a fazer ensaios clínicos de Cortexpihan como uma droga médica normal. Ele foi projetado para ajudar a retardar ou interromper a deterioração natural do cérebro à medida que envelhecemos, então os testes foram feitos em crianças. No entanto, eles notaram que algumas das crianças em seus testes começaram a ter efeitos colaterais estranhos, como a telepatia.
Vários anos depois, enquanto os julgamentos de Cortexiphan continuavam em segredo (eles terminaram oficialmente em 1983, mas continuaram por muito mais tempo), Walter descobriu o segredo para cruzar os universos. No entanto, ele percebeu imediatamente que seu método danificou a barreira, então ele estava com medo de usá-lo novamente, até mesmo para colocar o outro Peter de volta. Em vez disso, ele esperava que o Cortexiphan produzisse uma criança capaz de cruzar com segurança e mandar Peter de volta para lá. Embora ele conseguisse trazer essa habilidade para fora em Olivia, era incontrolável, e Peter começou a aceitar sua nova realidade como lar, então Walter abandonou essa idéia.A essa altura, William Bell tinha suas próprias ideias. Enquanto estudava a existência dos outros universos e os efeitos do Cortexiphan em pessoas como Olivia, Walter imaginara que seria possível destruir ambos os universos e usar a energia resultante para dar início a um novo Big Bang controlado. Isso permitiria que ele controlasse tudo sobre o novo universo, tornando-se efetivamente Deus. (Aliás, essa é a coisa que aterrorizou tanto Walter que ele teve seu cérebro cortado).
Enquanto Walter rapidamente rejeitou essa ideia, Bell não o fez. Em vez disso, ele formulou seu próprio plano diretor. Ele decidiu iniciar intencionalmente uma guerra entre os dois universos. Ele escreveu o manifesto da ZFT (na máquina de escrever que Walter mais tarde compraria dele - com o "y"), que descrevia a colisão dos dois universos e que só sobreviveria, sabendo que isso levaria qualquer aderente da ZFT a se preparar para lutar do outro lado. Ele também começou a usar os testes de Cortexiphan para revelar talentos adequados para soldados.
No entanto, a premissa de Bell de que apenas um universo poderia sobreviver a uma fusão não era fundamental. Ele só queria encorajar ambos os lados a começar uma guerra, porque ele queria que os dois universos fossem destruídos. Ele queria usar a energia dos dois universos, e o poder das crianças de Cortexiphan, para ajudá-lo a criar um novo universo, com ele mesmo como Deus.