Embora suas razões pessoais nunca sejam reveladas, e mais do que provavelmente se devam a razões de enredo existem razões práticas pelas quais alguém não usaria apenas uma habilidade como isso o tempo todo.
Seu uso deteriora sua visão até o ponto de cegueira. Se você não precisa, não use.
O acima é o primeiro link que aparece quando você procura no Google "Mangekyo Sharingan". Cotação:
Over time, use of the Mangekyō Sharingan's techniques deteriorates the user's eyesight to the point of blindness.
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Se o OP pretendia perguntar sobre Kakashi, é mais provável que devido ao que Sunpech disse, o enredo não estava todo lá ainda. Além disso, considere como drenar o uso do sharingan padrão foi em Kakashi perto do início da série. A tensão o deixou de cama devido ao uso prolongado. A variante mangekyo é muito mais drenante do que a situação base.
O sharingan em si era algo que Kakashi usou muito com moderação, só segue que o mangekyo muito mais perigoso seria usado muito menos.