Eu ficaria mais preocupado com o que parece ser um ponto baixo no banheiro, de acordo com a primeira foto. Pode ser que o chão esteja abaulado e faça parecer que o vaso sanitário está afundado, mas há um problema ali. Pode ser a raiz do problema. O material vermelho pode ser a camada adesiva da peça que você tem agora, mas não acho que seja isso. Eu acho que é a cor do próximo andar antigo. A foto não mostra tudo, mas é curioso como essa camada vermelha parece estar subindo, assim como o azulejo acima dela, como se as juntas do azulejo estivessem alinhadas.
Sua resposta para 2 e 3, é o banheiro vazando inchando o chão, na minha opinião. e 4, o chão precisa subir, até a sub-base para expor qualquer podridão, para que ele possa ser consertado.
5, Desde que sua casa é velha o suficiente para ter telha de amianto e pode haver muitas camadas no chão, sim, a possibilidade está lá. Existem empresas de remediação de amianto por aí que testam e removem o amianto, se for encontrado. Essas empresas são caras no que fazem, IMHO.