No ano passado eu voei de Birmingham International (UK) para o Aeroporto Atatürk de Istambul (TK) para o meu destino final, que era o Aeroporto de Suvarnabhumi (TH). Ao fazer o check-in no Reino Unido, recebi um cartão de embarque para meu voo de Birmingham para a Turquia. Quando cheguei na Turquia, passei pelo funil de transferência, pela segurança (acho que a imigração não consigo me lembrar) e depois pelo terminal de trânsito.
Uma vez lá, fui direto para a mesa da Turkish Airlines, entreguei meu passaporte e eles imprimiram um cartão de embarque para mim. Isso soa relevante no seu caso, não se preocupe, afinal, você está na Turquia. Eles podem e poderão emitir um cartão de embarque na sala de embarque (após a segurança).