No espaço Schengen, na maioria dos aeroportos (tanto quanto sei, todos os aeroportos em que se pode transitar), existem zonas de aeroportos e zonas internacionais distintas de Schengen.
Como regra geral, você cruza a fronteira dentro / fora de Schengen somente se necessário. Se a sua origem e destino são ambos fora da área de Schengen, se você ficar na zona internacional do aeroporto, você não precisa atravessar a fronteira e, portanto, não precisa de visto.
Se você quiser ir à cidade para uma pausa de turismo em sua jornada, verifique a política exata do país em relação ao visto de trânsito. Vários oferecem essa opção. A resposta dada pelo @Paul Raftery dá-lhe os detalhes para a Suíça.
Se o seu destino final é na área de Schengen, você deve cruzar a fronteira para Schengen no primeiro aeroporto você voar em .
NOTA: Resposta movida de Trânsito através de Estocolmo (Schengen) de Pequim para a Ucrânia? para ter uma resposta genérica de trânsito Schengen.
EDIT: Cidadãos de alguns países precisam de um visto de trânsito aeroportuário, veja esta outra resposta para detalhes sobre o visto de trânsito alemão.