O único significado de aceitar o cookie é um símbolo sobre como Neo não aceita a besteira que o oráculo está dizendo.
O oráculo diz algo como: "você não é 'o único'. Morfeo não vai acreditar. Um dos dois vai morrer. Mas não se preocupe, você não acredita no destino, pegue um biscoito e não o faça." se preocupe com tudo isso ".
Então, ele pega o biscoito e fica tipo "foda-se o oráculo, eu faço meu próprio destino" ... e tudo parece estar bem ... até que Morpheus seja capturado e ele tenha que escolher entre sua própria vida e um missão suicida. Ironicamente, no meio da missão suicida, ele termina seu treinamento, começa a acreditar e torna-se o escolhido.
Mas o único significado do cookie é um símbolo físico de "Eu não acredito na porcaria que o oráculo está dizendo".