Então ... sempre fui ensinado que você o remove porque é amargo. Eu geralmente o removo se for grande o suficiente.
No entanto, parece haver alguma contenção sobre se isso é verdade (e em que grau isso é verdade). Vejo: link e link
Em suma, existem ensinamentos mistos sobre se você deve removê-lo. Mas essencialmente o germe afeta o sabor do alho. Alguns chamam de amargo, alguns chamam de "mais garlicky". Ruhlman sugere que, se você está acertando com calor imediatamente, então não faz sentido removê-lo. Se ele está fazendo algo que terá o alho por perto, então ele não faz.
A partir disso, o que eu sugeriria (e o que vou tentar fazer a partir de agora) é ignorá-lo e se você notar uma diferença no gosto ou, mais importante, achar o resultado objetável. em seguida, retire-o da próxima vez. Caso contrário, não se incomode, pois você não saberá a diferença.