Meu primeiro pensamento é ir com o que funciona. Se o sistema de ingressos não permitir o sobrenome, siga o passaporte, já que esse é o seu ID de viagem. Se requer um sobrenome, mas não permite nenhum nome, faça isso. Se requer tanto um sobrenome quanto um nome, coloque o Sr. como o nome dado (primeiro) e o nome do seu pai como sobrenome.
Meu palpite é que o sistema exigirá um sobrenome e um primeiro nome, então XXX YYY e Mr.
Se você ler outras perguntas aqui, verá que isso parece ser bastante comum em alguns países. Desde que o nome dele, XXX YYY, apareça no passaporte, no visto e no ingresso, é muito improvável que ele tenha problemas.