Não importa o que você faça, você entrará no espaço Schengen em Frankfurt. Voos para Amsterdã e outros destinos na área de Schengen partem de outro conjunto de portões do que os voos fora do espaço Schengen e você terá que passar por uma verificação de passaporte e obter um carimbo de entrada para alcançá-los.
Por outro lado, quando você pousar em Amsterdã, não haverá verificação de passaporte, pois você já está no espaço Schengen.
Assim, você também pode deixar a área de trânsito do aeroporto em Frankfurt, se desejar. Você precisará de um cartão de embarque para poder voltar e permitir algum tempo para liberar a segurança antes de pegar seu voo para Amsterdã.