Não há diferença além do preço, pelo menos no avião. A bordo, a única diferença entre o serviço de passageiros é diferenciada pela classe. Geralmente, há até 4 turmas: Econômica, Econômica Premium (ou Economia Conforto), Executiva e Primeira Classe.
Acho que não haverá diferença no aeroporto para a classe Econômica, pelo menos. Algumas companhias aéreas reservam seu local para ingressos de negócios apenas para seus clientes (por isso, se você comprar um assento de classe executiva na Air India para um voo operado pela Singapore Airlines, talvez você não consiga acessar o lounge da Singapore Airlines, por exemplo .
Além disso, as condições de emissão de bilhetes são geralmente diferentes em muitos pontos. Primeiro, você não obterá a mesma quantidade de milhas de passageiro frequente, ou mesmo nenhuma. Também pode afetar qual programa de viajante frequente você credita suas milhas (como adicionou @Gagravarr). As condições de reembolso e troca também serão específicas. Pode haver outras condições de bilhetagem que eu esqueça que dependem do vendedor e não da companhia aérea operadora.
Nota: em Germanwings, perguntaram-me o meu nome para saber a classe de tarifa com a qual fiz a reserva, e foi-me dado um pequeno saco com comida cujo conteúdo dependia da minha classe de tarifa. Portanto, neste caso, os passageiros na mesma cabine podem ter uma experiência de voo diferente.