Pelo comentário de @ PhilPursglove, isso é quase certamente A Empyrion Saga de Stephen R. Lawhead.
Esta revisão em Goodreads (do segundo livro "Siege of Dome ") menciona um número considerável de seus pontos de plotagem;
- Cidades cúpulas - verifique
- Patriarcado - verifique
- Herói torturado em uma câmara de privação sensorial - confira
- Escapa e associa resistência - verifique
- Viaje pelo deserto - verifique
- Definir em uma cidade com cúpula - verifique
- Trilogia - Na verdade, foi uma duologia, mas está perto o suficiente