O gênero feminino onsen é realmente cada vez mais raro, e as moças mais jovens que freqüentam eles tendem a usar trajes de banho hoje em dia. A maioria dos restantes que conheço é pública, gratuita e não tem pessoal no site. Eles também são muito básicos, geralmente com apenas um banho, então eles são misturados mais por necessidade do que por escolha - não há realmente nenhuma alternativa!
Nyuto (ou melhor, Tsurunoyu, que é de longe o maior e mais conhecido balneário lá) é uma exceção em ser um grande onsen "comercial" e ter pools de gêneros mistos. Uma grande parte disso é que também é incomum em outro aspecto: a água é branca leitosa (daí o nome: "significa" mamilo "!), Então você não pode realmente ver nada abaixo do pescoço de qualquer maneira. Então, não, ninguém vai pensar que você é estranho se você for para a seção mista; uma amiga minha que frequenta reservas onsen rurais que designam os rapazes que se sentam do lado de fora da piscina, com as pernas abertas, jóias da família à mostra. (Dica: use a pequena toalha que você tem para preservar um pouco de dignidade quando estiver fora de casa.) 
Por que, culpar "influências ocidentais" é um pouco fácil demais. Tradicionalmente, os japoneses não tinham banhos em casa, saíam para o público, compartilhavam banhos sento, que não eram segregados, ou tinham segregação simbólica na melhor das hipóteses (por exemplo, uma corda atravessando a banheira dividindo-a em dois). Hoje em dia todo mundo tem banheiras em casa e os sentos são uma espécie em extinção, por isso, ficar nu com membros do sexo oposto não é mais comum.