O Alien que você está dizendo é na verdade um "Engenheiro" e eles desenvolveram a chamada "praga parasita" para acabar com o planeta Terra (que eles criaram em primeiro lugar).
Se você se lembra que o agente da peste alienígena ou parasita que matou o "engenheiro" foi retirado à força de Elizabeth (Eli) de seu estômago no med pod. Ela realmente congelou usando gás de descontaminação do med vet, mas sobreviveu e tentou sair daquele quarto no final e o "engenheiro" estava acidentalmente presente lá ao mesmo tempo. O alienígena matou o engenheiro e supostamente o engravidou e é por isso que você vê um novo alienígena nascido no final do filme.
Verifique se este post oferece uma visão geral do enredo.