A resposta lógica é sim, eles deveriam ter sido pegos. A suspensão da descrença é uma técnica narrativa comum. Como ambas as nossas crenças não foram suficientemente ampliadas nesta cena, uma resposta poderia ser que elas simplesmente falharam em "vendê-la".
No entanto, o tênue controle de Eliot sobre a realidade é um elemento importante do programa, por isso é possível que algumas ou todas as histórias tenham sido imaginadas. As impressões digitais e o DNA de Eliot estavam em todo lugar, afinal de contas.
A explicação literal é provavelmente que o caos causado pelo hack foi suficiente para permitir que eles escapassem. Como Eliot nunca foi preso, até onde sabemos, suas impressões digitais não seriam registradas em nenhum lugar.