Os pilotos são escolhidos de um grupo de crianças cujas mães morreram, a razão para isso é devido aos requisitos para uma pessoa específica para pilotar uma unidade Eva específica. Dizem que eles contêm as almas da mãe do piloto. Com exceção do clone, Rei.
Usando o videogame PlayStation 2003 como fonte canônica suplementar, eis o que sabemos sobre os pilotos:
From "Classified Information":
"A unit called a core is used to eliminate the discrepancies in Eva, a human being with the body of a god and a soul. The soul of the pilot's mother, which is placed within the core, acts as a medium and makes piloting possible.Due to difficulties encountered in the development of Eva-00, the core's system is poorly constructed, and she falls behind in performance capacity as a result. Another reason for her inferiority is that Eva-00's pilot, Rei, does not have a mother."
This makes it plain that with the exception of Rei, the pilot's mother is always chosen as the Evangelion's soul.
Following this chain of evidence, the almost certain conclusion is that Evangelion Unit-03 contains the soul of Toji's mother.
A informação acima é de EVA Geeks.org ( Source )
A teoria está strongmente implícita na série, e há citações dos criadores para complementar isso, mas os videogames colocam a caneta no papel fornecendo algum nível de cânone suplementar para nós.