Permanecer na Croácia não conta para a sua estadia em Schengen.
Stays in Bulgaria, Croatia, Ireland, Romania, Cyprus and the United Kingdom shall not be taken into account as they are not (yet) part of the Schengen area without internal borders.
A Croácia tem a sua própria regra 90 em 180, como pode ser lido em este site do seu Ministério dos Negócios Estrangeiros e Europeus. O titular de um visto Schengen válido não precisa se inscrever separadamente.
Note-se que a Croácia tenciona candidatar-se a aderir ao espaço Schengen em 2015. Dependendo do resultado e da sua viagem, isso deve ser tido em conta.