Eles foram criados para a obediência.
E eles devem obedecer àquele que deu o pedido , Sr. Palpatine. Então você vê, eles não mudaram de lado.
In the event of Jedi officers acting against the interests of the Republic, and after receiving specific orders verified as coming directly from the Supreme Commander (Chancellor), GAR [Grand Army of the Republic] commanders will remove those officers by lethal force, and command of the GAR will revert to the Supreme Commander (Chancellor) until a new command structure is established.
Era seu plano o tempo todo, fazer uma guerra falsa entre o exército dróide e o exército clone (na verdade, criar o exército clone devido à falsa ameaça do exército dróide), para desviar a atenção, fazer os Jedi ocupados, e eliminá-los nesse golpe rápido.
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Utilizing the attack by Mace Windu as a pretext, Palpatine issues Order 66, a pre-arranged military command ordering all Clone Troopers to execute their Jedi commanders in the event that the Jedi "betray" the Republic. Darth Vader leads the raid on the Jedi Temple with the 501st Clone Trooper Legion and kills all the Jedi in the Temple, including Jedi younglings living in the Temple.