Eu tenho seis dos dez volumes da série (1, 2, 3, 4, 7 e 10), e embora eu não possa encontrar uma história que corresponda à sua descrição em qualquer um dos seis volumes que eu tenho lá é aquele que tem algumas semelhanças. Vou descrevê-lo caso você tenha se esquecido dos detalhes ou talvez tenha misturado duas histórias diferentes.
A história é O Homem no Terno das Armas Cinzentas , de Paul J. Nahin. Ele descreve um piloto da Marinha decolando da nave em seu avião Red Striker Five, atacando o inimigo e depois aterrissando no deck, como você mencionou na sua pergunta. No entanto, isso não é um drone e o piloto realmente está voando e, de fato, está gravemente ferido. A reviravolta é que o piloto está tão emocionalmente conectado ao seu plano que ele passou a amá-lo como se fosse outro humano.
A história termina:
The warrior smiled weakly through a pale white face lined with pain and shock. He looked up at Red Striker Five and saw not a technological marvel of electronics, armament, metallurgy, and computer programs. He saw both a warm and loving creature, and a being that had killed to save him. Killed with savagery and intelligence. His body filled with emotion, a feeling of passion that only later he would just barely begin to understand.
He looked at the battle-ravaged Red Striker Five, and just before he slipped into darkness again, he knew. He knew she’d be there when he came back. She’d wait for him, and he loved her.
And he knew she loved him too