Faça a Casa Canith fazer isso
Não há RAW até onde eu pude encontrar, então tudo o que está listado abaixo depende do seu Mestre, mas aqui está minha interpretação baseada na configuração de Eberron e no material atualmente lançado para Eberron.
Em Eberron, quase todas as construções e tal são feitas pela casa Cannith ou uma de suas oficinas licenciadas. Então, se você tem um autômato quebrado, seria lógico ir até a oficina / enclave da casa mais próxima e perguntar sobre os serviços de reparo.
O fato de você também precisar redefinir sua programação apenas reforça essa necessidade de encontrar um especialista, já que simplesmente consertar todas as partes quebradas significaria que você teria o mesmo inimigo entranhado que você já havia derrotado.
Determinar o custo é difícil e pode ser da responsabilidade do Mestre, mas eu sugiro que a Casa solicite um serviço em vez de ouro. Isso pode ser qualquer coisa, desde procurar materiais raros necessários para os reparos em um trabalho que a Cannith precisa fazer, e que eles considerem equivalentemente valiosa.
Se você quiser fazer isso sozinho, ou evitar o House Cannith, você pode tentar algumas verificações de ferramenta para consertá-lo e pelo menos uma verificação muito difícil para corrigir sua programação. Você poderia, em vez disso, encontrar um Artífice independente e esperar que ele tenha as habilidades necessárias para o trabalho.