Isso foi abordado na série de livros de Star Trek: Destiny de David Mack. Se isso é considerado canônico ou não está em debate, mas certamente é uma boa história. Para resumir muito brevemente, existe uma raça muito avançada e xenofóbica conhecida como Caeliar, e sua tecnologia é tal que eles substituíram seus corpos (que presumivelmente eram de natureza biológica como os nossos) com partículas chamadas catoms. Estes catoms permitem-lhes todo o tipo de habilidades. No entanto, eles exigem uma fonte de energia, um dos quais está localizado no centro de cada cidade Caeliar (/ nave espacial).
Ocorreu um evento pelo qual uma dessas cidades foi destruída e sugada para o passado distante. O fim da fonte de energia desta cidade significava que os sobreviventes precisavam de uma fonte de energia. Com o tempo, eles se tornaram cada vez mais desesperados até que, essencialmente, sua mente consciente (e moral, etc) foi perdida e seu "instinto" (por falta de uma palavra melhor) assumiu para garantir sua sobrevivência. Com o tempo, os borgs nasceram: as nanoprobes de Borg são uma versão gravemente deformada e danificada (e menos capaz) dos catoms de Caeliar.
Eu não vou estragar os livros explicando o que aconteceu com o Borg ... e eu esqueci a história lá. Vale a pena lê-los para ter uma noção adequada disso.