Na maior parte, eles não, é um desperdício de seus recursos. As viagens subsequentes no mesmo bilhete provavelmente serão anuladas, embora, na prática, isso dependa da competência de TI da empresa em questão.
A companhia aérea pode cancelar sua conta de passageiro frequente se você fizer isso com muita frequência. Nos Estados Unidos, algumas empresas aéreas ameaçam recuperar a diferença de tarifas de você, mas não tenho conhecimento de nenhum caso em que isso tenha sido confirmado como um remédio legal. Certamente, dentro da União Europeia, não seria um termo de contrato executável.
O único recurso das companhias aéreas é cancelar sua conta de passageiro frequente e quaisquer pontos que surgirem.
Portanto, não há muito mais que a companhia aérea possa fazer a respeito. Por exemplo, British Airways afirma em suas condições gerais eles nem reivindicam ter qualquer recurso contra você além de cancelar qualquer viagem adicional no mesmo bilhete. Veja seção 3c, em particular 3c2:
"Your ticket is no longer valid if you do not use all the coupons in the sequence provided in the ticket. Where you change your travel without our agreement and the price for the resulting transportation you intend to undertake is greater than the price originally paid, you will be requested to pay the difference in price. Failure to pay the price applicable to your revised transportation will result in refusal of carriage."