Simplificando, aqueles que criaram o sistema de check-in são noobs, que não se limitam ao site da KLM.
Eu tive algo parecido comigo ao tentar fazer o check-in em um voo da Delta JFK-ZRH. Ele me perguntou quando eu voltaria para a Suécia, e quando eu marquei que não iria, recebi uma mensagem dizendo que precisava fazer o check-in no aeroporto.
Então, infelizmente seu amigo só poderá fazer o check-in no aeroporto. Ela deve mandar uma mensagem de reclamação para a KLM - enviei uma para a Delta e eles reconheceram a questão.