O final não faz sentido. Pelo menos para mim. Aqui está o que Emma diz a Jake enquanto eles estão a bordo do navio a caminho de Blackpool (a localização do loop da Miss Avocet de janeiro de 2016):
Jake, you know what this means don't you? ... We have to get to our own time but you don't. You can continue to live in 2016... If we kill Barron, he'll be gone but time will carry on. He won't go to Florida, Abe won't die, and you can go home."
Pelo menos para mim, não faz sentido lógico que matar Barron salvaria a vida do avô de Jake, Abe. Abe morreu em julho de 2016, então, teoricamente, matar uma versão de Barron de antes evitaria a morte de Abe. Mas isso não é o que acontece; em Blackpool Barron fala sobre a morte de Abe:
I tracked Abe Portman for months. All I needed was a few minutes to get the location of Miss Peregrine's loop from him. But no, Mathus couldn't wait. And instead, I had to masquerade as a psychiatrist for three weeks in Florida.
Então Barron já participou dos eventos da Flórida. Portanto, não faz sentido lógico que matar Barron signifique que "ele não irá para a Flórida [e] Abe não morrerá".
A lógica do filme parece ser algo como "Se você morrer em um loop, tanto seu passado quanto seu futuro serão completamente apagados da linha do tempo." Eu acho que é o significado da declaração "ele vai embora, mas o tempo vai continuar". Mas parece impossível chegar a um modelo de viagem no tempo em que isso faria sentido.