O que aconteceria se eu perdesse o visto Schengen?

Você ainda terá que perder as taxas e provavelmente terá que se inscrever novamente.

Por exemplo, da Página indiana sobre aplicativos Schengen :

Please note the service charges will be forfeited in the following situations and a new appointment will have to be scheduled

1. If you miss your appointment on the scheduled date
2. If you are delayed for your appointment and cannot be accommodated on the same day
3. If your application is incomplete and the application cannot be accepted
4. If you cancel your appointment

Eu fui ao VFS, mas esqueci alguns documentos, então decidi não me inscrever, mas voltei com outro compromisso. Eu não fui acusado.