Essa é uma pergunta muito difícil de responder, já que agora existem virtualmente centenas de livros no universo W40k. A maioria das respostas seria extremamente especulativa e baseada em preferências pessoais. Os livros da Heresia abrangem o 30º e o 31º milênio.
Depois disso, você pode ler a série Fera Surge . esses são definidos um pouco depois.
Quando você terminar com essa série, então é qualquer palpite. Alguns livros têm timestamps e falam de um período específico, outros não. Você basicamente não perderá nenhuma continuidade se as ler na ordem que desejar. Há a série Anjos de Sangue, A Série Ultramarines, A trilogia Anjos Negros, Os livros dos Lobos Espaciais Começando com a forma como Ragnar Blackmane se tornou um Fuzileiro Espacial e indo para como ele se tornou o Lorde dos Lobos.
Então você tem sua série de Inquisidores (trilogia de Eisenhorn e Trilogia de Ravenor, leia o primeiro antes do segundo como eles estão conectados)
Então você tem sua série Gaunts Ghosts (13 livros até agora e contando) A trilogia Calpurnia
E eu mal arranhei a superfície aqui. A coisa importante a notar é que, onde quer que você escolha começar, você não estragará coisas para si mesmo, pois os livros raramente mencionam eventos em outros livros.