A única razão possível que poderia funcionar é aumentando a umidade na cavidade do forno, e para fazê-lo em qualquer quantidade significativa, a água teria que ser levada a ferver. Mesmo assim, não há razão para acreditar que o aumento da umidade tenha algum efeito na crosta.
Caso contrário, o único efeito da água é fornecer uma massa adicional no forno que absorva as microondas em competição com a pizza, essencialmente retardando o processo de aquecimento. É concebível que isso torne mais fácil não aquecer a pizza para a fase de "crosta emborrachada", mas o mesmo efeito poderia ser alcançado simplesmente diminuindo a configuração de potência.
Portanto, não há base científica para essa crença além do efeito placebo.
O reaquecimento da pizza é uma das tarefas mais desafiadoras, e existem muitos métodos, nenhum ideal.