Sim, eles fazem

Os pontos de vida temporários funcionam da mesma forma que os pontos de vida normais, com a exceção de que você não pode curá-los. Resistência ou vulnerabilidade é aplicado ao dano primeiro, e então ele se aplica ao seu HP, independentemente de se for HP permanente ou temporária.

No entanto, há uma coisa que você precisa ter em mente com um bruxo híbrido / bárbaro e isso é que:

If you are able to cast spells, you can't cast them or concentrate on them while raging.

Armor de agathys não é um feitiço de concentração, de modo que este não é um problema para esse período particular, mas é algo a ter em mente quando você mistura um rodízio e um bárbaro.