Resposta RAW: Não.
De acordo com o SRD, v5.1, p. 16:
You can change your list of prepared spells when you finish a long rest. Preparing a new list of cleric spells requires time spent in prayer and meditation: at least 1 minute per spell level for each spell on your list.
Isso é muito explicitamente dizendo que você muda sua lista de magias preparadas, e que você pode fazer isso quando terminar um longo descanso. Então preencher parte da sua lista e deixar outros espaços vazios está fora do que é permitido pelas regras.
O que exatamente "quando você termina um longo descanso" significa, e se há algum tipo de intervalo que você pode deixar passar entre a conclusão do descanso e a preparação de magias não está tão claramente definido, então talvez um Mestre interpretaria isso para dizer que você pode se preparar em algum ponto posterior depois de completar o longo descanso, mas mesmo nesse caso, esta regra como escrita significaria que você tem que mudá-las todas na mesma oração / sessão de meditação.